Antes de que hagas nada, ajusta el brillo y el contraste de tu imagen hasta que las areas blancas sean completamente blancas y las lineas negras sean puramente negras, pero sin llegar a pixelarse. Si no tienes cuidado con el ajuste del contraste, acabarás dentando el dibujo, como en la ilustracion de más a la izquierda. No buscamos un dibujo dentado y feo; queremos que sea tan suave y nitido como sea posible, asi que ten cuidado.

Tambien querrás arreglar zonas incompletas, tales como el ojo en este dibujo, y limpiar las lineas un poco, aunque yo no soy bastante paciente como para hacer esto muy a menudo.
De todas formas, una vez hayas reducido la imagen, las imperfecciones del dibujo no serán tan visibles.

Ahora, con el fin de hacer tu dibujo (ya limpio) transparente, primero de todo selecciona el lienzo completamente. Copia todo el dibujo y pegalo en una capa tal como se muestra a la izquierda (NDT* : tambien puedes duplicar el fondo en lugar de copiar la capa y llamar a esta"Capa 1" como en el ejemplo).
Ahora tendrás dos copias de la imagen: la capa de Fondo, y la Capa 1. Borra la capa de fondo, y crea un nuevo fondo puramente blanco, yendo al menu Capa>>Neva>>Fondo

Ve al menu Canales de la ventana flotante de Capas. Pulsa el boton "Cargar canal como seleccion", que es el mas a la izquierda abajo, con la imagen de un circulo punteado. Lo que esto hace es seleccionar todas las areas blancas del contorno, sin que tengas que usar la Varita Magica. Evita usar la varita magica todo lo que puedas! Puede hacer selecciones realmente malas.

De todas formas, despues de pulsar el boton "Cargar canal como Seleccion", todas las areas blancas se deberian seleccionar mediante lineas discontinuas.

Asegurate de que la Capa 1 está seleccionada, y no la Capa de Fondo, y entonces pulsa Borrar (tecla Supr). Esto borrará todas las areas blancas del dibujo, dejando solo las lineas negras.
Deselecciona la imagen de manera que las lineas discontinuas de la seleccion desaparezcan, dejando solo el dibujo. Te darás cuenta de que el dibujo está un poco desvanecido. No te preocupes, esto es muy facil de corregir. :)

Pon la capa uno a "Preservar Transparencia" marcando la "checkbox" en el menu de capas, como se muestra justo arriba. Esto te permite pintar por encima de las lineas existentes sin que sean pintadas y echarlas a perder. Es una caracteristica muy util. :) Selecciona un pincel grande y pinta sobre todo el dibujo con color puramente negro. Las lineas del dibujo deberían volver a su oscuro anterior.

Ahora ya tienes el dibujo con un contorno limpio y transparente listo para ser coloreado. :)